Malagón presenta una economía dinámica, basada principalmente en la actividad agrícola y ganadera.  Encontramos  importantes  cultivos de olivos, viñedos y cereales, acompañada de la cría de ganado ovino y bobino.

Alrededor de la producción  agrícola se desarrolla una industria basada en la transformación de estos productos.

Destaca la fabricación de  quesos, conservas, aceite de oliva y vinos. El municipio cuenta además con un extenso polígono industrial donde se desarrollan y crecen numerosas empresas, tanto en el sector de la industria, como en el de servicios.

Por otra parte, en el área del turismo podemos observar un importante movimiento durante las fiestas patronales en el mes de septiembre, así como en la celebración del carnaval, declarado como Fiesta de Interés Turístico Regional.

Igualmente destacan las celebraciones en honor a Santa Teresa, o la Feria Agroindustrial Ferduque.

También se aprecian grandes oportunidades de crecimiento en el sector de turismo rural, gracias a un entorno natural con hermosos parques, humedales, rutas de senderismo y atractivos paisajes

Empresas:

El tejido empresarial del municipio se caracteriza por microempresas, pymes, cooperativas y autónomos, con aproximadamente  580 empresas registradas en este municipio.

Entre las principales empresas de Malagón podemos citar:

Cooperativa Montes Norte – Empresa orientada al sector agroalimentario, principalmente en la producción de aceite de oliva.

Cooperativa Santísimo Cristo del Espíritu Santo. Es una de las más importantes empresas del sector en la producción de vinos y mostos.

Quesos Don Apolonio. Destaca en la industria láctea con la elaboración de queso manchego.

Aceites Malagón- Empresa productora de Aceite de Oliva

Congemar. Opera en el sector comercio con la distribución  de alimentos congelados.